Classification phylogénétique du vivant (où placer les oiseaux dans l’arbre du vivant ?) d’après LECOINTRE Gu., LE GUYADER H., 2001. Classification phylogénétique du vivant. Éd. Belin. 544 pages + annexes. ISBN 2-7011-2137-X (voir du même auteur : Construction d’une classification phylogénétique et aussi articles dans Wikipedia) (cliquez sur les noms pour avoir les définitions ou voir le glossaire, en construction) Glossaire (en cours) Actinistiens : groupe frère des Rhipidistiens, avec lesquels ils forment le clade des Sarcoptérygiens. Le Coelacanthe Latimeria chalumnae est la seule espèce actuelle connue de ce groupe. retour à l’arbre Actinopodes : un des clades des Eucaryotes. Comprennent les radiolaires, les héliozoaires et les acanthaires, unicellulaires essentiellement marins, à symétrie sphérique, hérissés de spicules, prédateurs planctoniques (12 000 espèces). retour à l’arbre Actinoptérygiens : « poissons » au sens populaire du terme (sauf requins, raies, coelacanthe, dipneuste), à nageoires rayonnées et écailles (ex. le Saumon Salmo salar). Groupe frère des Sarcoptérygiens, avec lesquels ils forment le clade des Ostéoichthyens (23 712 espèces). retour à l’arbre Alvéolobiontes : un des clades des Eucaryotes. Comprennent les Ciliés, les Apicomplexés et les Dinophytes. Eucaryotes unicellulaires, souvent flagellés ou ciliés (15 200 espèces). retour à l’arbre Amniotes : groupe frère des Lissamphibiens, avec lesquels ils forment le clade des Tétrapodes. Divisé en deux clades, les Mammifères et les Sauropsides. Caractérisé, entre autres choses, par l’amnios, poche de liquide amniotique qui entoure l’embryon, un condyle occipital convexe, la perte de l’os intertemporal, un orbite bordé par l’os frontal (21 333 espèces). retour à l’arbre Anoures : groupe frère des Urodèles avec lesquels ils forment le clade des Batraciens. Ce sont les crapauds et grenouilles. Caractérisés, entre autres choses, par un allongement de l’ilion, une réduction extrême des côtes, un urostyle (vertèbres postsacrées soudées), un nombre de vertèbres réduit, un allongement du calcanéum et de l’astragale (4 381 espèces). retour à l’arbre Ansériformes : groupe frère des Galliformes avec lesquels ils forment le clade des Galloanserae (198 espèces). retour à l’arbre Apicomplexés (ou Sporozoaires) : groupe frère des Dinophytes et des Ciliés avec lesquels ils forment le clade des Alvéolobiontes. Eucaryotes unicellulaires, parasites intra- ou extracellulaires d’animaux (ex. Plasmodium falciparum, Toxoplasma gondii). Caractérisés, entre autres choses, par une forme sporozoïte, un complexe apical unique d’organelles spécialisées, éventuellement des centrioles de neuf singlets de microtubules (5 000 espèces) Archées (ou Archéobactéries) : groupe frère des Eubactéries et des Eucaryotes, avec lesquels elles forment le vivant. Procaryotes (pas de noyau) regroupant les bactéries méthanogènes, les halobactéries et les bactéries thermoacidophiles. Caractérisés, entre autres choses, par des lipides membranaires très particuliers, des ribosomes à forme caractéristique, une phylogénie moléculaire basée sur des molécules différentes de celles des Eubactéries (259 espèces). retour à l’arbre Archosauriens : groupe frère des Lépidosauriens, comprenant les Pseudosuchiens (crocodiliens), les Dinosauriens (dinosaures représentés aujourd’hui par les Oiseaux, seuls survivants actuels) et les Ptérosaures. retour à l’arbre Autres oiseaux retour à l’arbre Batraciens retour à l’arbre Bilatériens : un des clades basaux des Eumétazoaires. Groupe frère des Cnidaires, des Cténophores et sans doute des Myxozoaires. Comprend les Protostomiens et les Deutérostomiens, et sans doute les Mésozoaires. Caractérisés par une symétrie bilatérale (axes de polarité antéro-postérieur et dorso-ventral, 1 191 311 espèces). Cretour à l’arbre Céphalochordés retour à l’arbre Champignons : groupe frère des Choano-organismes avec lesquels ils forment le clade des Opisthochontes. Regroupent les Eumycètes et les Microsporidies (100 800 espèces). retour à l’arbre Chéloniens : groupe frère des Diapsides. retour à l’arbre Chlorarachniophytes : un des clades basaux des Eucaryotes. Cellules nues, amiboïdes, réunies par des filopodes à l’intérieur d’un plasmode (2 espèces).retour à l’arbre Chlorobiontes : groupe frère des Rhodobiontes avec lesquels ils forment le clade des Métabiontes. Regroupent les algues vertes et les plantes terrestres (ou Embryophytes). Le chloroplaste est vert car la chlorophylle n’est pas masquée par d’autres pigments (277 722 espèces). retour à l’arbre Choano-organismes retour à l’arbre Choanoflagellés : groupe frère des Métazoaires avec lesquels ils forment le clade des Choano-organismes. Forment un petit groupe d’Eucaryotes unicellulaires caractérisés par la présence d’une colerette et des tentacules, ainsi que par la sécrétion d’une loge ou thèque. Principalement en milieu marin. Planctoniques ou fixés sur des algues. Leur nourriture est constituée d’Eubactéries essentiellement (120 espèces). retour à l’arbre Chondrichthyens retour à l’arbre Chordés : groupe frère des Hémichordés avec lesquels ils forment le clade des Pharyngotrèmes. Comprennent les Urochordés et les Myomérozoaires. Caractérisés par un axe de symétrie bilatérale et un axe rigide dorsal (au moins chez la larve), la chorde (52 246 espèces). retour à l’arbre Ciliés : groupe frère des Dinophytes et des Apicomplexés avec lesquels ils forment le clade des Alvéolobiontes. Unicellulaires aquatiques caractérisés par la présence à leur surface de nombreux cils (8 000 espèces dont la Paramécie Paramecium tetraurelia). retour à l’arbre Cnidaires retour à l’arbre Craniates : groupe frère des Céphalochordés avec lesquels ils forment le clade des Myomérozoaires. Comprennent les Myxinoïdes et les Vertébrés (51 066 espèces). Caractérisés par un crâne et une minéralisation du squelette impliquant le phosphate de calcium. retour à l’arbre Crocodiliens : groupe frère des Oiseaux. retour à l’arbre Cryptophytes : un des clades basaux des Eucaryotes. Unicellulaires photosynthétiques à deux flagelles du nanoplancton des eaux douces et salées de répartition mondiale (200 espèces). retour à l’arbre Cténophores retour à l’arbre Démosponges retour à l’arbre Deutérostomiens : groupe frère des Protostomiens et sans doute des Mésozoaires avec lesquels ils forment le clade des Bilatériens. Caractérisés par un développement embryonnaire au cours duquel le blastopore devient l’anus embryonnaire, la bouche étant toujours formée secondairement. Formes très diversifiées comprenant les Échinodermes, les Hémichordés et les Chordés (58 331 espèces). retour à l’arbre Diapsides : groupe frère des Chéloniens, comprenant les Lépidosauriens et les Archosauriens. retour à l’arbre Dinophytes : groupe frère des Ciliés et des Apicomplexés avec lesquels ils forment le clade des Alvéolobiontes. Unicellulaires biflagellés planctoniques essentiellement marins, photosynthétiques ou carnivores (2 200 espèces).retour à l’arbre Dinosauriens : groupe d’Archosauriens, frère des Crocodiliens et des Ptérosaures. retour à l’arbre Dipneustes retour à l’arbre Échinodermes retour à l’arbre Éponges calcaires retour à l’arbre Éponges hexactinellides retour à l’arbre Eubactéries retour à l’arbre Eucaryotes : êtres vivants, uni- ou multicellulaires, dont l’information génétique est contenue dans le noyau de la cellule. Groupe frère des Eubactéries et des Archées avec lesquelles ils constituent le vivant (1 738 571 espèces). retour à l’arbre Euglénobiontes : un des clades basaux des Eucaryotes. Comprend des algues unicellulaires photosynthétiques (Euglénophytes), des parasites du sang humain (Kinétoplastidés tels les trypanosomes - maladies du sommeil et de Chagas - et les Leishmania - Leishmanioses -) et les Pseudociliés (1 398 espèces). retour à l’arbre Eumétazoaires : un des clades basaux des Métazoaires. Comprend les Cnidaires, les Cténophores, les Bilatériens et sans doute les Myxozoaires (1 201 611 espèces). retour à l’arbre Eumycètes : groupe frère des Microsporidies avec lesquelles ils forment le clade des Champignons. Comprennent les champignons terrestres (Basidiomycètes, c’est-à-dire les « champignons » au sens populaire), les truffes et les levures (Ascomycètes), les moisissures (Zygomycètes) et des parasites (Chytridiomycètes) (100 000 espèces). retour à l’arbre Foraminifères (ou Granuloréticulosés) : un des clades basaux des Eucaryotes. Unicellulaires prédateurs, exclusivement marins. La plupart possèdent un test à plusieurs chambres, avec des pores par lesquels passent les filipodes qui servent aux déplacements et à la prise de nourriture (6 000 espèces). retour à l’arbre Galliformes retour à l’arbre Galloanserae retour à l’arbre Glaucophytes : (ou Glaucocystophytes) groupe frère des Métabiontes avec lesquels ils constituent le clade dit de la lignée verte. Unicellulaires à chloroplastes, structurés dorsoventralement, à deux flagelles, faisant partie du plancton des mares d’eau douce tempérées (13 espèces). retour à l’arbre Gnathostomes : groupe frère des Pétromyzontides avec lesquels ils forment le clade des Vertébrés. Caractérisés par des mandibules supérieures et inférieures bilatérales , un squelette branchial interne des branchies, un troisième canal semicirculaire, des fibres nerveuses gainées de myéline, une hémoglobine à deux type de chaînes (50 873 espèces). retour à l’arbre Gymnophiones retour à l’arbre Haptophytes : groupe frère des Straménopiles avec lesquels ils forment le clade de la lignée brune. Flagellés unicellulaires photosynthétiques du nanoplancton marin, porteurs de coccolithes (pièces dures organiques ou calcaires) (500 espèces). retour à l’arbre Hémichordés retour à l’arbre Lépidosauriens retour à l’arbre Lignée brune : un des clades basaux des Eucaryotes, comprenant les Straménopiles et les Haptophytes. Uni- ou pluricellulaires à chloroplastes (106 422 espèces). retour à l’arbre Lignée verte : un des clades basaux des Eucaryotes, comprenant les Métabiontes et les Glaucophytes. Clade caractérisé par les chloroplastes (ou cyanelles, ex-cyanobactéries intégrées comme organites dans les cellules - c’est une endosymbiose - et qui assure la photosynthèse) (283 415 espèces). retour à l’arbre Lissamphibiens retour à l’arbre Mammifères retour à l’arbre Mésozoaires retour à l’arbre Métabiontes : groupe frère des Glaucophytes avec lesquels ils forment le clade de la lignée verte. Regroupent les Rhodobiontes et les Chlorobiontes (283 402 espèces). retour à l’arbre Métamonadines : un des clades basaux des Eucaryotes. Unicellulaires sans plastes ni mitochondries, avec un ou deux caryomastigontes (noyau entouré de tubules associés à deux paires de flagelles). Commensaux ou parasites de tubes digestifs d’animaux (300 espèces, ex. Giardia lamblia chez l’Homme). retour à l’arbre Métazoaires : groupe frère des Choanoflagellés avec lesquels ils forment le clade des Choano-organismes. Ce sont les « animaux » au sens populaire, organismes pluricellulaires mobiles et hétérotrophes (vivant aux dépens des autotrophes photosynthétiques). Ont colonisé tous les milieux (1 211 612 espèces). retour à l’arbre Microsporidies : groupe frère des Eumycètes avec lesquels ils forment le clade des Champignons. Unicellulaires parasites intracellulaires obligatoires (principalement des Téléostéens, Insectes et Crustacés) dépourvus de mitochondries, de plastes. Ce sont probablement des Eumycètes qui ont subi une simplification cellulaire due à la vie parasitaire intracellulaire (800 espèces). retour à l’arbre Mycétozoaires : un des clades basaux des Eucaryotes. Uni- ou pluricellulaires à forme libre amiboïde ou biflagellée (ex. l’Amibe Entamoeba histolytica). Non photosynthétiques (se nourrissent par phagocytose de bactéries ou de particules en décomposition) (532 espèces). retour à l’arbre Myomérozoaires : groupe frère des Urochordés avec lesquels ils forment le clade des Chordés. Comprennent les Céphalochordés et les Craniates. Au cours du développement embryonnaire segmentation du mésoderme en somites (50 946 espèces). retour à l’arbre Myxinoïdes retour à l’arbre Myxozoaires retour à l’arbre Néognathes retour à l’arbre Oiseaux : derniers survivants des Dinosaures théropodes, groupe frère des Crocodiliens. retour à l’arbre Opisthochontes (ou Opisthocontes) : un des clades basaux des Eucaryotes. Regroupent (analyse génétique) les Champignons et les Choano-organismes (1 312 532 espèces). retour à l’arbre Ostéoichthyens : groupe frère des Chondrichthyens avec lesquels ils forment le clade des Gnathostomes. Comprennent les Sarcoptérygiens et les Actinoptérygiens. Caractérisés par l’os enchondral, l’apparition d’os maxillaires, prémaxillaires, dentaires (50 027 espèces). retour à l’arbre Paléognathes retour à l’arbre Parabasaliens : un des clades basaux des Eucaryotes. Unicellulaires à cinétides d’au moins 4 flagelles, sans plastes ni mitochondries, se nourrissant par phagocytose, parfois parasites (350 espèces dont Trichomonas vaginalis). retour à l’arbre Percolozoaires : un des clades basaux des Eucaryotes. Unicellulaires de type amibiens (20 espèces dont l’amibe des piscines polluées, Naegleria fowleri, parasite humain mortel). retour à l’arbre Pétromyzontides retour à l’arbre Pharyngotrèmes : groupe frère des Échinodermes avec lesquels ils forment le clade des Deutérostomiens. Comprennent les Hémichordés et les Chordés (52 331 espèces). retour à l’arbre Placozoaires retour à l’arbre Protostomiens retour à l’arbre Rhipidistiens retour à l’arbre Rhizopodes : un des clades basaux des Eucaryotes à la monophylie incertaine. Organismes unicellulaires nus ou protégés par thèque qui se déplacent et se nourrissent par pseudopodes dans des milieux solides ou liquides (200 espèces). retour à l’arbre Rhodobiontes : groupe frère des Chlorobiontes aves lesquels ils forment le clade des Métabiontes. Algues rouges des côtes. Les chloroplastes sont rouges car la chlorophylle est masquée par d’autres pigments, les xanthophylles (5 500 espèces). retour à l’arbre Sarcoptérygiens : groupe frère des Actinoptérygiens avec lesquels ils forment le clade des Ostéoichthyens. Comprennent les Actinistiens et les Rhipidistiens. Comprennent les vertébrés à pattes et certaines formes aquatiques actuelles ou fossiles. Caractérisés par un squelette interne des membres monobasal (un seul élément s’attache aux ceintures), de l’émail vrai sur les dents (26 315 espèces). retour à l’arbre Sauropsides retour à l’arbre Sphénodontiens retour à l’arbre Sporozoaires : voir Apicomplexés. retour à l’arbre Squamates retour à l’arbre Straménopiles (ou Hétérochontes) : groupe frère des Haptophytes avec lesquels ils forment le clade de la lignée brune. Caractérisés par des touffes de poils creux sur les flagelles. Uni- ou pluricellulaires. Photosynthétiques ou non. Regroupent les algues brunes (Phéophycées), les diatomées (Bacillariophycées), d’autres groupes d’algues et divers parasites (anciens « champignons inférieurs » comme le Mildiou de la vigne) (105 922 espèces). retour à l’arbre Tétrapodes retour à l’arbre Urochordés retour à l’arbre Urodèles retour à l’arbre Vertébrés : groupe frère des Myxinoïdes avec lesquels ils forment le clade des Craniates. Comprennent les Gnathostomes et les Pétromyzontides. Caractérisés par des pièces squelettiques qui entourent la chorde, les vertèbres, une musculature intrinsèque de l’œil, une régulation nerveuse du cœur, deux canaux semicirculaires dans l’oreille interne, une rate et un pancréas individualisés (50 911 espèces). retour à l’arbre